Выдающийся советский белорусский историк-востоковед, академик АН БССР и член-корреспондент АН СССР Н. М. Никольский родился в Москве в семье известного востоковеда, основоположника ассириологии в России М. В. Никольского. В 1900 г. окончил Московский университет, потом преподавал в гимназии. Николай Михайлович объединил вокруг себя группу переводчиков (в числе которых был и В. Н. Перцев) для издания серии книг «Религия и церковь в свете научной мысли и свободной критики». В серию вошли произведения крупных немецких ученых: В. Вреде, А. Гарнака, Ю. Велльгаузена, А. Юлихера, Р. Кнопфа, О. П. Пфлейдерера, М. Брикнера, Д. Д. Штрауса.
Параллельно Н. М. Никольский занимался изучением истории древнего Израиля. С последним были связаны его первые научные публикации: «Царь Давид и псалмы» (1906), «Израиль и Вавилон» (1910), «Древний Израиль» (1911).
Интерес к Междуречью историк пронес через всю жизнь. Последняя его работа, «Культура Древней Вавилонии» (1959), также была посвящена этому региону.
Помимо истории Древнего Востока Николай Михайлович занимался изучением истории Русской православной церкви. Впервые он обратился к этой теме в 1909–1912 гг. Им были написаны пять глав для 5-томной «Российской истории», все они были связаны с историей церкви.
Н. М. Никольский стал широко известным в российском научном сообществе начала ХХ в. как востоковед и светский историк церкви. Благодаря этой известности в 1918 г. он был приглашен в Смоленский университет на должность профессора кафедры истории религии.
Несколько лет спустя, в 1922 г., профессора Н. М. Никольского пригласили в Белорусский государственный университет. Он стал деканом педагогического факультета и профессором кафедры древней истории.
Николай Михайлович дважды посещал Германию (в 1925 и 1928 гг.). Три его монографии были опубликованы там в переводе на немецкий язык. В 1931 г. вышла в свет самая известная книга Н. М. Никольского – «История Русской церкви», одно из наиболее объективных исследований по данной теме, написанное светским автором. В том же году он был избран академиком БАН.
В 1934 г. в БГУ был открыт исторический факультет, где профессор Никольский читал курс древней истории. После создания в 1936 г. отдельной кафедры истории Средних веков и древней истории профессор возглавил ее. В 1937 г. Н. М. Никольский стал директором Института истории АН БССР.
После начала Великой Отечественной войны историк остался в захваченном Минске. Оккупационные власти предложили Н. М. Никольскому сотрудничать с ними и написать историю Белоруссии в выгодном для них свете. Это предложение было отвергнуто со всей категоричностью.
Через два года Николая Михайловича с женой переправили в партизанский отряд. Там он продолжил научную работу. Еще до войны Институт истории АН БССР включил в план издание двух его монографий. Исполнение своих научных обязательств Н. М. Никольский всегда ставил на первое место, тем более, что он не сомневался в грядущей победе и освобождении Беларуси. Из партизанского отряда ученого вывезли на самолете на Большую землю.
В 1944 г. профессор вернулся в Минск и продолжил свою деятельность в БГУ (возглавил кафедру истории Древнего мира) и Академии наук БССР. Понимая, что историческому факультету после освобождения от оккупации не будет хватать научных кадров, он содействовал переводу из Чувашского педагогического института в БГУ доцента Ф. М. Нечая.
В 1946 г. Н. М. Никольский был избран членом-корреспондентом АН СССР.
Здоровье Николая Михайловича ухудшалось. В апреле 1953 г. он оставил пост директора Института истории АН БССР. На следующий год отошел от руководства кафедрой истории Древнего мира. Исполнение обязанностей заведующего было возложено на доцента Ф. М. Нечая.
Тем не менее Николай Михайлович продолжал научную деятельность. Он завершил работу над книгой «Происхождение и история белорусской свадебной обрядности», которая была издана в 1956 г.
В предисловии к книге Н. М. Никольский написал: «Та твердость, с которой трудовой белорусский народ <…> хранил свой язык, свои нравы, обычаи и обряды, в том числе свадебные, свидетельствует о силе его национального самосознания, о его твердой и неизменной воле к борьбе за свои человеческие и национальные права, о его ненависти к угнетателям».